UM memiliki 2 (dua) biro pelaksana administrasi yaitu Biro Akademik, Kemahasiswaan, Perencanaan, Informasi, dan Kerjasama (BAKPIK), serta Biro Umum dan Keuangan (BUK).
Secara fungsional Biro Akademik, Kemahasiswaan, Perencanaan, Informasi, dan Kerjasama, dipimpin oleh seorang Kepala Biro yang bertanggung jawab kepada Rektor. Sehari-hari pembinaan biro ini dilakukan oleh Wakil Rektor I dalam bidang akademik, Wakil Rektor II dalam bidang umum dan keuangan, Wakil Rektor III dalam bidang kemahasiswaan dan alumni, serta Wakil Rektor IV dalam bidang perencanaan, sistem informasi, komunikasi, dan kerjasama.
Struktur organisasi Biro Akademik, Kemahasiswaan, Perencanaan, Informasi, dan Kerjasama terdiri dari tiga bagian dan satu Kelompok Jabatan Fungsional:
(1) Bagian Akademik melaksanakan administrasi akademik dan evaluasi, registrasi dan statistik, sarana akademik;
(2) Bagian Perencanaan dan Sistem Informasi bertugas melaksanakan administrasi perencanaan akademik dan fisik, pengumpulan dan pengelolaan data, serta layanan informasi;
(3) Bagian Kemahasiswaan bertugas melaksanakan administrasi minat, penalaran dan informasi kemahasiswaan, serta layanan kesejahteraan mahasiswa;
(4) Bagian Kerjasama dan Humas bertugas melaksanakan administrasi kerjasama dan humas, serta
(5) Kelompok Jabatan Fungsional.
Biro Umum dan Keuangan adalah unsur pelaksana administrasi umum dan keuangan, dipimpin oleh seorang Kepala Biro yang bertanggung jawab kepada Rektor. Pembinaan biro ini dilakukan oleh Wakil Rektor II. Struktur organisasi Biro Umum dan Keuangan terdiri dari 3 (tiga) bagian dan satu Kelompok Jabatan Fungsional, yaitu
(1) Bagian Umum, Hukum, Tatalaksana, dan Barang Milik Negara bertugas menangani urusan tata usaha, rumah tangga, hukum, tatalaksana, dan urusan barang milik negara;
(2) Bagian Kepegawaian bertugas melaksanakan urusan administrasi tenaga akademik dan tenaga administratif; dan
(3) Bagian Keuangan bertugas melaksanakan administrasi urusan pembiayaan, perbendaharaan, akuntansi, dan pelaporan keuangan; serta
(4) Kelompok Jabatan Fungsional.